W pełni potwierdzono efektywność zestawów RT-LAMP Duo oraz Direct w rozpoznawaniu dotychczas zidentyfikowanych wariantów SARS-CoV-2, w tym bretońskiego, który posiada zdolność braku identyfikacji w analizie testem RT-PCR z próbek z wymazów. Rozpoznanie wielu wariantów SARS-CoV-2 przez zestawy RT-LAMP Duo Kit oraz Directjest ważne w zadbaniu o zdrowie publiczne, gdzie efektywne testowanie posiadające zdolność wykrycia szczególnie groźnych szczepów wirusa SARS-CoV-2 jest bezwzględnie ważne dla podtrzymania wysiłków w walce z pandemią.
Metodologia:
Analiza in-silico została przeprowadzona poprzez analizę sekwencji referencyjnej NCBI SARS-CoV-2 (NC_045512.2) wraz z wymienionymi poniżej sekwencjami pełnych genomów poszczególnych szczepów zdeponowanych w bazie danych GISAID EpiCoV:
| Nr dostępowy | Wariant | Klasyfikacja WHO |
|---|---|---|
| EPI_ISL_723044 | B.1.1.7 | Alfa |
| EPI_ISL_825139 | B.1.351 | Beta |
| EPI_ISL_792680 | P.1 | Gamma |
| EPI_ISL_2650470 | B.1.617.2 | Delta |
| EPI_ISL_2631197 | B.1.427/B.1.429 | Epsilon |
| EPI_ISL_2614193 | P.2 | Zeta |
| EPI_ISL_1563854 | B.1.525 | Eta |
| EPI_ISL_1122452 | P.3 (version: 2021-04-01) | Theta |
| EPI_ISL_2647531 | B.1.526 | Iota |
| EPI_ISL_1415353 | B.1.617.1 | Kappa |
| EPI_ISL_2536799 | C.37 | Lambda |
| EPI_ISL_1259297 | Breton (hCoV-19/France/BRE-IPP04233/2021) | N/A |
Dopasowanie sekwencji przeprowadzono z wykorzystaniem oprogramowania” Clustal Omega (EMBL-EBI), który wykorzystuje technikę drzew filogenetycznych przy zastosowaniu progresywnego algorytmu dla modelu Hidden Markov (HMM) w celach generowania dopasowań między trzema lub więcej sekwencjami genomowymi. Dalszą wizualizację dopasowania wykonano przy użyciu oprogramowania MView (EMBL-EBI).
Do dalszej analizy laboratoryjnej wykorzystano charakterystyczne sekwencje dla fragmentów genomu różniące się od sekwencji odniesienia, uwzględniając tym samym podobieństwa w mutacjach w genach S i N występujące w nowych wariantach wirusa. W tym celu zsyntetyzowano specyficzne fragmenty genów S i N w formie cDNA, a następnie rozcieńczono je do 1000 kopii / µl, po czym wykorzystano jako matrycę podczas przygotowywania reakcji z zestawami starterów wykorzystywanych w zestawach RT-LAMP Duo oraz Direct.
Poczynione kroki potwierdzają, że zestawy Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit wykrywają wszystkie wyżej wymienione warianty SARS-CoV-2.
Genomtec ciągle monitoruje, w jaki sposób nowo zidentyfikowane warianty SARS-CoV-2 mogą wpływać na wydajność testu, wykorzystując zarówno analizę bioinformatyczną, jak i laboratoryjną, tak aby zapewnić klientom najwyższą czułość zestawów diagnostycznych Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT- LAMP CE-IVD Duo Kit oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit wśród szczególnie groźnych szczepów SARS-CoV-2.
