Innowacyjna diagnostyka

Polska firma Genomtec opracowała i wprowadziła na rynek dwa zarejestrowane testy dwugenowe: Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo-Kit, który został dopuszczony do sprzedaży w Europie oraz może być dystrybuowany na innych kontynentach oraz Genomtec® SARS-Cov-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit, który umożliwia przeprowadzenie badania w kierunku identyfikacji zakażenia SARS-CoV-2 bezpośrednio ze śliny pacjenta, również zarejestrowany do sprzedaży w Unii Europejskiej. Ten innowacyjny test zapewnia pacjentom większy komfort, gdyż nie muszą być poddawani procedurze pobrania wymazu np. z nosogardzieli. Możliwość badania bezpośrednio ze śliny, zmniejsza również ryzyko ekspozycji na wirusa dla personelu pobierającego próbkę i nie wymaga specjalistycznych umiejętności. Dzięki testowi RT-LAMP Direct Kit odczytanie wyniku testu od momentu otrzymania próbki śliny przez laboratorium, jest możliwe już po kilkudziesięciu minutach.

Polska firma Genomtec opracowała i wprowadziła na rynek dwa zarejestrowane testy dwugenowe: Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo-Kit, który został dopuszczony do sprzedaży w Europie oraz może być dystrybuowany na innych kontynentach oraz Genomtec® SARS-Cov-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit, który umożliwia przeprowadzenie badania w kierunku identyfikacji zakażenia SARS-CoV-2 bezpośrednio ze śliny pacjenta, również zarejestrowany do sprzedaży w Unii Europejskiej. Ten innowacyjny test zapewnia pacjentom większy komfort, gdyż nie muszą być poddawani procedurze pobrania wymazu np. z nosogardzieli. Możliwość badania bezpośrednio ze śliny, zmniejsza również ryzyko ekspozycji na wirusa dla personelu pobierającego próbkę i nie wymaga specjalistycznych umiejętności. Dzięki testowi RT-LAMP Direct Kit odczytanie wyniku testu od momentu otrzymania próbki śliny przez laboratorium, jest możliwe już po kilkudziesięciu minutach.

W pełni potwierdzono efektywność zestawów RT-LAMP Duo oraz Direct w rozpoznawaniu dotychczas zidentyfikowanych wariantów SARS-CoV-2, w tym bretońskiego, który posiada zdolność braku identyfikacji w analizie testem RT-PCR z próbek z wymazów. Rozpoznanie wielu wariantów SARS-CoV-2 przez zestawy RT-LAMP Duo oraz Direct jest ważne w zadbaniu o zdrowie publiczne, gdzie efektywne testowanie posiadające zdolność wykrycia szczególnie groźnych szczepów wirusa SARS-CoV-2 jest bezwzględnie ważne dla podtrzymania wysiłków w walce z pandemią.

Metodologia:

Analiza in-silico została przeprowadzona poprzez analizę sekwencji referencyjnej NCBI SARS-CoV-2 (NC_045512.2) wraz z wymienionymi poniżej sekwencjami pełnych genomów poszczególnych szczepów zdeponowanych w bazie danych GISAID EpiCoV:

Dopasowanie sekwencji przeprowadzono z wykorzystaniem oprogramowania” Clustal Omega (EMBL-EBI), który wykorzystuje technikę drzew filogenetycznych przy zastosowaniu progresywnego algorytmu dla modelu Hidden Markov (HMM) w celach generowania dopasowań między trzema lub więcej sekwencjami genomowymi. Dalszą wizualizację dopasowania wykonano przy użyciu oprogramowania MView (EMBL-EBI).

Do dalszej analizy laboratoryjnej wykorzystano charakterystyczne sekwencje dla fragmentów genomu różniące się od sekwencji odniesienia, uwzględniając tym samym podobieństwa w mutacjach w genach S i N występujące w nowych wariantach wirusa. W tym celu zsyntetyzowano specyficzne fragmenty genów S i N w formie cDNA, a następnie rozcieńczono je do 1000 kopii / µl, po czym wykorzystano jako matrycę podczas przygotowywania reakcji z zestawami starterów wykorzystywanych w zestawach RT-LAMP Duo oraz Direct.

Poczynione kroki potwierdzają, że zestawy Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit wykrywają wszystkie wyżej wymienione warianty SARS-CoV-2.

Genomtec ciągle monitoruje, w jaki sposób nowo zidentyfikowane warianty SARS-CoV-2 mogą wpływać na wydajność testu, wykorzystując zarówno analizę bioinformatyczną, jak i laboratoryjną, tak aby zapewnić klientom najwyższą czułość zestawów diagnostycznych Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT- LAMP CE-IVD Duo Kit oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit wśród szczególnie groźnych szczepów SARS-CoV-2.

Dodatkowo do testu Genomtec® RT-LAMP-Direct oferujemy Zestaw do poboru i transportu próbki śliny.

Proces testowania z użyciem testów Genomtec EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD na osi czasu

Proces testowania z użyciem testów Genomtec RT-LAMP Duo KIT na osi czasu

Czym jest technologia RT-LAMP

Obecnie laboratoryjna diagnostyka genetyczna wirusa SARS-CoV-2 oparta jest o metodę RT-PCR, a dokładnie jej odmianę – Real-Time Reverse Transcription PCR. W tej metodzie materiał genetyczny wirusa, RNA, jest przepisany na komplementarne DNA (tzw. cDNA) przez enzym – odwrotną transkryptazę, w połączeniu z etapem namnażania cDNA z wykorzystaniem drugiego enzymu – polimerazy.

Mechanizm detekcji oparty jest najczęściej na sondach molekularnych lub barwniku fluorescencyjnym. Łącznie można założyć, że średni czas wykonania reakcji Real-Time RT-PCR w laboratorium na obecność patogenu jak wirus SARS-CoV-2, zajmuje 90 minut, a często nawet dłużej, w zależności od jakości użytych enzymów i sprawności urządzenia Real-Time PCR. W technologii Real-Time RT-LAMP ta sama próbka może zostać zanalizowana w czasie krótszym niż 30 minut, z użyciem tego samego sprzętu laboratoryjnego.

Chcesz dowiedzieć się więcej o technologii LAMP? Przejdź do zakładki „Konferencja„, gdzie znajdziesz prezentacje i będziesz mógł obejrzeć wykłady ekspertów o tej tematyce.

Diagnostyka laboratoryjna SARS-CoV-2

Agencja Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji wydała aktualizację 2.0 zaleceń p.t. „Diagnostyka laboratoryjna SARS-CoV-2”.

Zalecenia sformułowane zostały przez Radę Naukową oraz Panel Ekspertów, na podstawie konsensusu eksperckiego, wynikającego z bieżącej sytuacji epidemiologicznej oraz przeglądu doniesień naukowych dla metod diagnostycznych SARS-CoV-2.
W opracowaniu tym ponownie wskazano, iż zaletą testów genetycznych jest potwierdzenie zakażenia we wczesnej fazie, przed wystąpieniem objawów klinicznych, gdy test antygenowy jest ujemny.
W zaleceniach dla diagnostyki molekularnej potwierdzono, że „szybkie testy genetyczne RT-PCR lub izotermiczne RT-LAMP” mogą być stosowane. Nadzór nad jakością tych badań pełni laboratorium wpisane na listę „Laboratoriów COVID” Ministerstwa Zdrowia.

Całość dokumentu dostępna do pobrania: Pobierz dokument PDF