Diagnostyka choroby COVID-19 genetycznymi testami LAMP

Szybka, specyficzna i tania technologia izotermalna amplifikacji RNA

  • wykrywa wszystkie warianty wirusa SARS-CoV-2
  • 40% oszczędności czasu reakcji amplifikacji
  • 11 starterów w teście zapewniające jego wysoką specyficzność i szybkość
  • łatwość interpretacji – odczyt wyniku reakcji w jednym kanale FAM

Jesteś zainteresowany naszym produktem?

Masz pytania?

Zadzwoń:

lub wejdź na stronę genomtec.com

Innowacyjna diagnostyka



Polska firma Genomtec opracowała i wprowadziła na rynek dwa zarejestrowane testy dwugenowe: Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo-Kit, który został dopuszczony do sprzedaży w Europie oraz może być dystrybuowany na innych kontynentach oraz Genomtec® SARS-Cov-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit, który umożliwia przeprowadzenie badania w kierunku identyfikacji zakażenia SARS-CoV-2 bezpośrednio ze śliny pacjenta, również zarejestrowany do sprzedaży w Unii Europejskiej. Ten innowacyjny test zapewnia pacjentom większy komfort, gdyż nie muszą być poddawani procedurze pobrania wymazu np. z nosogardzieli. Możliwość badania bezpośrednio ze śliny, zmniejsza również ryzyko ekspozycji na wirusa dla personelu pobierającego próbkę i nie wymaga specjalistycznych umiejętności. Dzięki testowi RT-LAMP Direct Kit odczytanie wyniku testu od momentu otrzymania próbki śliny przez laboratorium, jest możliwe już po kilkudziesięciu minutach.


Polska firma Genomtec opracowała i wprowadziła na rynek dwa zarejestrowane testy dwugenowe: Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo-Kit, który został dopuszczony do sprzedaży w Europie oraz może być dystrybuowany na innych kontynentach oraz Genomtec® SARS-Cov-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit, który umożliwia przeprowadzenie badania w kierunku identyfikacji zakażenia SARS-CoV-2 bezpośrednio ze śliny pacjenta, również zarejestrowany do sprzedaży w Unii Europejskiej. Ten innowacyjny test zapewnia pacjentom większy komfort, gdyż nie muszą być poddawani procedurze pobrania wymazu np. z nosogardzieli. Możliwość badania bezpośrednio ze śliny, zmniejsza również ryzyko ekspozycji na wirusa dla personelu pobierającego próbkę i nie wymaga specjalistycznych umiejętności. Dzięki testowi RT-LAMP Direct Kit odczytanie wyniku testu od momentu otrzymania próbki śliny przez laboratorium, jest możliwe już po kilkudziesięciu minutach.

W ramach naszej standardowej strategii nadzoru i zapewnienia jakości produktu, a także w związku z rosnącymi obawami dotyczącymi zdolności testów IVD do rozpoznawania nowo pojawiających się wariantów SARS-CoV-2, Genomtec przeprowadził analizę bioinformatyczną (in-silico) oraz tzw. “analizę laboratorium mokrego” dla zestawów diagnostycznych Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo Kit (RT-LAMP Duo) oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit (Direct).

W pełni potwierdzono efektywność zestawów RT-LAMP Duo oraz Direct w rozpoznawaniu dotychczas zidentyfikowanych wariantów SARS-CoV-2, w tym bretońskiego, który posiada zdolność braku identyfikacji w analizie testem RT-PCR z próbek z wymazów. Rozpoznanie wielu wariantów SARS-CoV-2 przez zestawy RT-LAMP Duo oraz Direct jest ważne w zadbaniu o zdrowie publiczne, gdzie efektywne testowanie posiadające zdolność wykrycia szczególnie groźnych szczepów wirusa SARS-CoV-2 jest bezwzględnie ważne dla podtrzymania wysiłków w walce z pandemią.

 

Metodologia:

Analiza in-silico została przeprowadzona poprzez analizę sekwencji referencyjnej NCBI SARS-CoV-2 (NC_045512.2) wraz z wymienionymi poniżej sekwencjami pełnych genomów poszczególnych szczepów zdeponowanych w bazie danych GISAID EpiCoV:

Nr dostępowy Wariant Klasyfikacja WHO
EPI_ISL_723044 B.1.1.7 Alfa
EPI_ISL_825139 B. 1.351 Beta
EPI_ISL_792680 P.1 Gamma
EPI_ISL_2650470 B.1.617.2 Delta
EPI_ISL_2631197 B.1.427/B.1.429 Epsilon
EPI_ISL_2614193 P.2 Zeta
EPI_ISL_1563854 B.1.525 Eta
EPI_ISL_1122452 P.3 (version: 2021-04-01) Theta
EPI_ISL_2647531 B.1.526 Iota
EPI_ISL_1415353 B.1.617.1 Kappa
EPI_ISL_2536799 C.37 Lambda
EPI_ISL_1259297 Breton (hCoV-19/France/BRE-IPP04233/2021) N/A

 

Dopasowanie sekwencji przeprowadzono z wykorzystaniem oprogramowania” Clustal Omega (EMBL-EBI), który wykorzystuje technikę drzew filogenetycznych przy zastosowaniu progresywnego algorytmu dla modelu Hidden Markov (HMM) w celach generowania dopasowań między trzema lub więcej sekwencjami genomowymi. Dalszą wizualizację dopasowania wykonano przy użyciu oprogramowania MView (EMBL-EBI).

Do dalszej analizy laboratoryjnej wykorzystano charakterystyczne sekwencje dla fragmentów genomu różniące się od sekwencji odniesienia, uwzględniając tym samym podobieństwa w mutacjach w genach S i N występujące w nowych wariantach wirusa. W tym celu zsyntetyzowano specyficzne fragmenty genów S i N w formie cDNA, a następnie rozcieńczono je do 1000 kopii / µl, po czym wykorzystano jako matrycę podczas przygotowywania reakcji z zestawami starterów wykorzystywanych w zestawach RT-LAMP Duo oraz Direct.

Poczynione kroki potwierdzają, że zestawy Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit wykrywają wszystkie wyżej wymienione warianty SARS-CoV-2.

Genomtec ciągle monitoruje, w jaki sposób nowo zidentyfikowane warianty SARS-CoV-2 mogą wpływać na wydajność testu, wykorzystując zarówno analizę bioinformatyczną, jak i laboratoryjną, tak aby zapewnić klientom najwyższą czułość zestawów diagnostycznych Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT- LAMP CE-IVD Duo Kit oraz Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit wśród szczególnie groźnych szczepów SARS-CoV-2.

Genomtec® SARS-Cov-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit

Genomtec® SARS-CoV-2 Zestaw EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD jest dopuszczonym do obrotu w Unii Europejskiej diagnostycznym testem izotermicznej amplifikacji z jednoczesną odwrotną transkrypcją w czasie rzeczywistym (RT-LAMP) do jakościowego wykrywania kwasu RNA w dwóch genach wirusa SARS-CoV-2, z uproszczonym etapem przygotowania próbki biologicznej.* Cechuje go szybkie przygotowanie wzbogaconych o kwas RNA lizatów z jednoczesną transkrypcją RNA i amplifikacją cDNA przy użyciu standardowego instrumentu Real-Time PCR (wykrywanie w kanale FAM), z czasem ok. 50 minut od próbki do rezultatu, z czego sam etap amplifikacji zajmuje 40 minut.

Korzyści z Test Genomtec® RT-LAMP:

  • Komfort, dokładność i szybkość badań pacjentów.
  • Podwyższony poziom bezpieczeństwa personelu medycznego.
  • Szybszy, łatwiejszy i ekonomiczny proces dla laboratoriów.
  • Efektywność operacyjna i kosztowa procesu refundacji dla systemu opieki zdrowotnej.

Dzięki użyciu Genomtec® Direct RT-LAMP wprowadzamy nową jakość testowania na obecność wirusa SARS-CoV-2.

Genomtec® SARS-CoV-2 Zestaw EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD jest dopuszczonym do obrotu w Unii Europejskiej diagnostycznym testem izotermicznej amplifikacji z jednoczesną odwrotną transkrypcją w czasie rzeczywistym (RT-LAMP) do jakościowego wykrywania kwasu RNA w dwóch genach wirusa SARS-CoV-2, z uproszczonym etapem przygotowania próbki biologicznej.* Cechuje go szybkie przygotowanie wzbogaconych o kwas RNA lizatów z jednoczesną transkrypcją RNA i amplifikacją cDNA przy użyciu standardowego instrumentu Real-Time PCR (wykrywanie w kanale FAM), z czasem ok. 50 minut od próbki do rezultatu, z czego sam etap amplifikacji zajmuje 40 minut.

Instrukcja wykorzystania testu diagnostycznego do wykrywania SARS-CoV-2 bezpośrednio z próbki śliny.

 

 

Korzyści z Genomtec® Direct RT-LAMP:

  • Komfort, dokładność i szybkość badań pacjentów.
  • Podwyższony poziom bezpieczeństwa personelu medycznego.
  • Szybszy, łatwiejszy i ekonomiczny proces dla laboratoriów.
  • Efektywność operacyjna i kosztowa procesu refundacji dla systemu opieki zdrowotnej.

Dzięki użyciu Genomtec® Direct RT-LAMP wprowadzamy nową jakość testowania na obecność wirusa SARS-CoV-2.

Dodatkowo do testu Genomtec® RT-LAMP-Direct oferujemy Zestaw do poboru i transportu próbki śliny.

Produkt ten jest przeznaczony do pobierania, przechowywania i transportu próbki natywnej śliny do celów diagnostyki klinicznej i nie zawiera żadnego roztworu stabilizującego kwasy nukleinowe. Produkt jest wolny od DNaz/RNaz i pirogenów oraz jest sterylizowany radiacyjnie. Jest kompatybilny z zestawem diagnostycznym Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD Kit (nr kat.: GA00C).

Składa się z trzech części:

  • ustnika (do swobodnego zakręcania, jednorazowego użytku)
  • probówki zbiorczej (5ml)
  • zakrętki (wyposażona w szczelny gwint)

Zestaw do poboru i transportu śliny posiada oznakowanie CE-IVD. Informacje na temat procesu pobierania śliny, warunków przechowywania i przedstawiciela producenta w UE można znaleźć w Instrukcji użytkowania (IFU) dostępnej w sekcji Wsparcie oraz Dla Laboratoriów.

Proces testowania z użyciem testów Genomtec EvaGreen® Direct-RT-LAMP CE-IVD na osi czasu

1

Pobranie próbki

Pobranie śliny lub suchego wymazu z nosogardzieli lub gardła do odpowiedniego pojemnika transportowego (5 min.)

2

Warunki transportu

Transport materiału biologicznego (ślina lub suchy wymaz) do laboratorium diagnostycznego do 24 godzin

3

Przygotowanie lizatów RNA

Zmieszanie odczynnika LysBuffer ze śliną lub suchym wymazem oraz podgrzanie mieszaniny przez 5 min. w 95 ͦC celem przygotowania lizatu. Proces przygotowania próbki śliny / suchego wymazu z użyciem odczynnika LysBuffer zajmuje 5 minut podczas podgrzewania w bloku grzejnym (bez czasu pipetowania)

4

Reakcja amplifikacji RT-LAMP

Jednoczesna transkrypcja kwasu RNA do cDNA oraz namnażanie w technologii RT-LAMP (40 min.)

5

Wynik testu

Wykrycie pozytywnych próbek klinicznych w rekordowym czasie nawet 20 min. – kiedy sygnał fluorescencji przekracza próg tła

Genomtec® SARS-CoV-2 EvaGreen® RT-LAMP CE-IVD Duo-Kit

Korzyści dla laboratoriów testujących za pomocą Genomtec® RT-LAMP Duo Kit:

  • szybka, specyficzna i tania technologia izotermalna amplifikacji RNA,
  • wykrywalność wszystkich wariantów wirusa SARS-CoV-2,
  • 40% oszczędności czasu reakcji amplifikacji,
  • 11 starterów w teście zapewniające jego wysoką specyficzność i szybkość,
  • łatwość interpretacji – odczyt wyniku reakcji w jednym kanale FAM.

 

Korzyści dla laboratoriów testujących za pomocą Genomtec® RT-LAMP Duo Kit:

  • szybka, specyficzna i tania technologia izotermalna amplifikacji RNA,
  • wykrywalność wszystkich wariantów wirusa SARS-CoV-2,
  • 40% oszczędności czasu reakcji amplifikacji,
  • 11 starterów w teście zapewniające jego wysoką specyficzność i szybkość,
  • łatwość interpretacji – odczyt wyniku reakcji w jednym kanale FAM.

Proces testowania z użyciem testów Genomtec RT-LAMP Duo KIT na osi czasu

1

Pobranie próbki

Następuje pobranie próbki śliny, wymazu z gardła lub noso-gardzieli

2

Transport

Odpowiednio zabezpieczona próbka jest przekazana do laboratorium diagnostycznego (do 24 godzin).

3

Izolacja RNA

Kwas nukleinowy RNA jest wyizolowany i oczyszczany z materiału biologicznego w sposób manualny lub automatyczny

4

Amplifikacja RT-LAMP

Oczyszczone RNA zostaje przepisane na cDNA z jednoczesnym namnożeniem w reakcji RT-LAMP

5

Rezultat badania

Pozytywny wynik w próbce klinicznej można uzyskać już po 11 minutach – po przekroczeniu progu fluorescencji przez sygnał

Czym jest technologia RT-LAMP

Obecnie laboratoryjna diagnostyka genetyczna wirusa SARS-CoV-2 oparta jest o metodę RT-PCR, a dokładnie jej odmianę – Real-Time Reverse Transcription PCR. W tej metodzie materiał genetyczny wirusa, RNA, jest przepisany na komplementarne DNA (tzw. cDNA) przez enzym – odwrotną transkryptazę, w połączeniu z etapem namnażania cDNA z wykorzystaniem drugiego enzymu – polimerazy.

Mechanizm detekcji oparty jest najczęściej na sondach molekularnych lub barwniku fluorescencyjnym. Łącznie można założyć, że średni czas wykonania reakcji Real-Time RT-PCR w laboratorium na obecność patogenu jak wirus SARS-CoV-2, zajmuje 90 minut, a często nawet dłużej, w zależności od jakości użytych enzymów i sprawności urządzenia Real-Time PCR. W technologii Real-Time RT-LAMP ta sama próbka może zostać zanalizowana w czasie krótszym niż 30 minut, z użyciem tego samego sprzętu laboratoryjnego.

Chcesz dowiedzieć się więcej o technologii LAMP? Przejdź do zakładki „Konferencja„, gdzie znajdziesz prezentacje i będziesz mógł obejrzeć wykłady ekspertów o tej tematyce.

Diagnostyka laboratoryjna SARS-CoV-2

Agencja Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji wydała aktualizację 2.0 zaleceń p.t. „Diagnostyka laboratoryjna SARS-CoV-2”.

Zalecenia sformułowane zostały przez Radę Naukową oraz Panel Ekspertów, na podstawie konsensusu eksperckiego, wynikającego z bieżącej sytuacji epidemiologicznej oraz przeglądu doniesień naukowych dla metod diagnostycznych SARS-CoV-2.
W opracowaniu tym ponownie wskazano, iż zaletą testów genetycznych jest potwierdzenie zakażenia we wczesnej fazie, przed wystąpieniem objawów klinicznych, gdy test antygenowy jest ujemny.
W zaleceniach dla diagnostyki molekularnej potwierdzono, że „szybkie testy genetyczne RT-PCR lub izotermiczne RT-LAMP” mogą być stosowane. Nadzór nad jakością tych badań pełni laboratorium wpisane na listę „Laboratoriów COVID” Ministerstwa Zdrowia.

Całość dokumentu dostępna do pobrania: Pobierz dokument PDF

Jesteś zainteresowany naszym produktem?

Zadzwoń:

+48 697 802 241

1 + 5 =

Administratorem danych osobowych jest GENOMTEC. Polityka prywatności GENOMTEC dostępna jest na stronie: https://genomtec.com/testylamp/polityka-prywatnosci/